29 марта 1998 года избран мэром Нижнего Новгорода, получив 34 % голосов, однако 1 апреля выборы были признаны недействительными. 30 марта 1998 года ходатойство прокурора Шевелёва об аресте Климентьева было отклонено, а 2 апреля 1998 года, так же по ходатайству прокурора был арестован и 27 мая приговорён к шести годам лишения свободы с конфискацией имущества. Отбывал наказание в колонии №9 Дзержинск. В 1999 году был переведён на поселение после четырёх решений суда. 3 октября 2000 года освобождён условно-досрочно из колонии-поселения Гидаево Кировской области.